Febra hemoragică crimeeană se diferențiază de alte febre hemoragice, gripă, leptospiroză, meningococemie, febră tifoidă, boli chirurgicale cu sindromul „abdomen acut”; precum și de purpura trombocitopenică (boala Werlhof) cu debut subacut caracteristic, lipsă de reacție termică, erupție hemoragică de la peteșii mici la echimoze mari pe suprafețele flexoare ale membrelor, trunchiului, sângerări nazale frecvente și alte sângerări, anemie hipocromă, leucocitoză, trombocitopenie și absența modificărilor sistemului cardiovascular.