Depistarea agentului patogen este de o importanță crucială pentru confirmarea diagnosticului de pneumocistoză. Principalul material pentru studiu este sputa, secrețiile bronșice, spălările obținute în timpul lavajului bronșic sau al lavajului bronhoalveolar, fragmente de țesut pulmonar prelevate în timpul biopsiei transbronșice, percutanate sau deschise. Cel mai adesea, din cauza stării grave a pacientului, aceste manipulări nu sunt efectuate pentru a evita complicațiile.