Cauzele colangitei sclerozante sunt numeroase. Rezultatul acesteia este fibroza progresivă și, ca o consecință, dispariția căilor biliare intra- și/sau extrahepatice. În stadiile incipiente, afectarea căilor biliare și a hepatocitelor nu este atât de pronunțată, insuficiența hepatică se dezvoltă ulterior.