Cei mai frecvenți agenți cauzatori ai pneumoniei sunt bacteriile gram-pozitive și gram-negative, agenții patogeni intracelulari și, mai rar, ciupercile și virusurile. La tineri, pneumonia este adesea cauzată de un singur agent patogen (monoinfecție), în timp ce la pacienții vârstnici și la persoanele cu boli concomitente, pneumonia este adesea cauzată de asociații bacteriene sau virale-bacteriene (infecție mixtă), ceea ce creează dificultăți serioase în alegerea tratamentului etiotrop adecvat.