Complicațiile tractului biliar după transplantul hepatic apar în 10-20% din cazuri. Acestea includ stricturi, scurgeri biliare, fistule și colangită. Se pot observa stricturi ale anastomozelor cauzate de erori tehnice, inflamații datorate scurgerilor biliare și fibrozei, precum și stricturi neasociate cu anastomozele, formate deasupra anastomozei în direcția portului hepatic, cauzate în unele cazuri de ischemie ductală.