Deficiența congenitală de enterokinază a fost descrisă, precum și deficitul enzimatic tranzitoriu la sugarii extrem de prematuri. Ca urmare a deficitului de enterokinază, conversia tripsinogenului în tripsină este perturbată, ceea ce duce la descompunerea proteinelor în intestinul subțire. În patologia duodenală, este posibil și deficitul de duodenază, ducând la deficit de peptidază.