Detectarea și diferențierea protozoarelor (distincția formelor patogene de cele nepatogene) este o sarcină destul de complexă. Majoritatea organismelor unicelulare din fecale se găsesc în două forme: vegetative (stadiul trofozoit) - active, mobile, vitale, ușor susceptibile la efecte nocive (în special, răcire) și, prin urmare, mor rapid după excreția din intestin și sub formă de chisturi (oochisturi) rezistente la influențe externe.