În cazul infecției congenitale cu citomegalovirus, natura afectării fetale depinde de perioada infecției. Infecția acută cu citomegalovirus la mamă în primele 20 de săptămâni de sarcină poate duce la patologii fetale severe, care au ca rezultat avort spontan, moarte intrauterină a fătului, naștere de făt mort, malformații, în majoritatea cazurilor incompatibile cu viața. În cazul infecției cu citomegalovirus în stadiile avansate ale sarcinii, prognosticul pentru viața și dezvoltarea normală a copilului este mai favorabil.