Antibioticele sunt de o importanță primordială în terapia complexă a bolilor cauzate de H. influenzae. Medicamentele de elecție sunt cefalosporinele de generația a treia și a patra. Agentul patogen este, de asemenea, foarte sensibil la cloramfenicol, gentamicină, rifampicină, dar este rezistent la oxacilină, lincomicină etc. În cazurile severe, se recomandă prescrierea a două antibiotice.